Học phí Cao đẳng Dược cả nước đều thuộc top cao nhất trong các Ngành nghề bởi đặc thù ngành nghề liên quan đến bảo vệ sức khỏe, tính mạng con người vì vậy công tác đào tạo, giảng dạy cũng tốn chi phí hơn, mất nhiều thời gian hơn. Cũng giống như các Ngành học khác tại các Trường đại học – Cao đẳng trong cả nước, học phí tại Cao đẳng Dược Hà Nội sẽ tăng dần qua các năm theo quy định mức học phí của Bộ GD-ĐT. Cụ thể ở Năm 2015 mức học phí đào tạo Dược sĩ Cao đẳng tại Cao đẳng Dược Hà Nội là 600.000đ/tháng. Năm 2016 mặc dù chưa có thông báo chính thức của nhà trường và Bộ GD&ĐT nhưng theo dự đoán, mức học phí năm 2016 sẽ tăng không đáng kể (Dưới 10%) và đóng theo hạn kỳ học 4 tháng 1. Vì vậy ngay từ lúc này, gia đình thí sinh xét tuyển Cao đẳng Dược nên chuẩn bị dần chi phí đào tạo để tạo điều kiện cho các em yên tâm theo đuổi ước mơ Ngành Dược tại trường.
